ศูนย์ศึกษาการพัฒนาอ่าวคุ้งกระเบน อันเนื่องมาจากพระราชดำริ ได้เริ่มก่อตั้งตามพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เมื่อวันที่ 28 ธันวาคม 2524 โดยมีพระราชดำริแก่ผู้ว่าราชการจังหวัดจันทบุรี มีสาระสำคัญคือให้พิจารณาพื้นที่ที่เหมาะสมจัดทำโครงการพัฒนาอาชีพการประมงและการเกษตร ในเขตที่ดินชายฝั่งทะเล จังหวัดจันทบุรี ต่อมาเมื่อวันที่ 30 ธันวาคม พ.ศ.2524 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ได้มีพระราชดำริเพิ่มเติม คือให้พิจารณาจัดหาพื้นที่ป่าสงวนเสื่อมโทรมหรือพื้นที่สาธารณประโยชน์เพื่อจัดตั้งศูนย์ศึกษาการพัฒนา เช่นเดียวกับศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อน ให้เป็นศูนย์ศึกษาเกี่ยวกับการพัฒนาในเขตที่ดินชายทะเล ดังนั้น จังหวัดจันทบุรีจึงได้ร่วมหารือกับหน่วยงานต่างๆ ที่เกี่ยวข้องและพิจารณาความเหมาะสมจึงกำหนดพื้นที่ตำบลคลองขุด อำเภอท่าใหม่ จังหวัดจันทบุรี เป็นพื้นที่จัดตั้งศูนย์ศึกษาการพัฒนาอ่าวคุ้งกระเบนฯ ตั้งแต่ปี พ.ศ.2525 ศูนย์ศึกษาดังกล่าว เป็นหน่วยงานที่ดำเนินการศึกษาสาธิต และการพัฒนาในเขตที่ดินชายทะเล โดยวิธีการผสมผสานความรู้อันหลากหลายของแต่ละหน่วยงานเพื่อวางแผนพัฒนาการจัดการทรัพยากรที่มีอยู่ให้เหมาะสมและยั่งยืนตลอดไป ภายในศูนย์มีห้องบรรยาย ศูนย์ข้อมูล ห้องสมุด เปิดบริการสำหรับคนทั่วไป นอกจากนี้ยังมีการสาธิตการเลี้ยงกุ้งกุลาดำ ที่ไม่ทำลายสิ่งแวดล้อม
การดำเนินงานของศูนย์การพัฒนาอ่างคุ้งกระเบน มุ่งดังนี้
๑. ยกระดับความเป็นอยู่ อาชีพ ของราษฎรที่ยากจน รอบอ่างคุ้งกระเบน และพื้นที่ใกล้เคียง
๒. พัฒนาอาชีพประมง และการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำชายฝั่งทะเล เพื่อเพิ่มผลผลิต และเป็นพื้นฐานของการพัฒนาการประมงในอนาคต
๓. พัฒนาการใช้และการอนุรักษ์ธรรมชาติ ให้เกิดความสมดุล